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目前,新型冠状病毒大爆发在全球蔓延,寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方法是临床医生和药物研发人员最紧迫的工作。 计算机辅助药物筛选基于病毒靶向和小分子药物的3d结构,计算病毒蛋白与药物之间的结合能,从千万个小分子库中筛选与病毒结合最多的候选药物,为药物研究和临床试验迅速提供方向
药物筛选一般分为靶蛋白质明确、候选药物小分子筛选、试验验证、临床验证四个阶段。 计算机辅助技术可以迅速加速前两个阶段,利用同源建模和分子动力学模拟,从病毒蛋白质的一级序列中迅速获得病毒蛋白质的3d结构,同时依靠云运算力实现大规模筛选和药物分解,成为万级小分子 之后,研究机构、制药公司通过试验验证和临床试验,最终明确了可靠的药物小分子将用于疾病治疗。
“药物筛选”之旅
受算法、计算力的限制,目前大部分的筛选工作只比较1~2个新型冠状病毒蛋白质进行。 为了全面、系统地判断药物对新型冠状病毒全靶蛋白的结合情况,华为云与华中科技大学同济医学院基础医学院、华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院、西安交通大学第一附属医院、中科院北京基因组研究所成立了联合团队,从新型冠状病毒蛋白序列来看,与全部21个靶蛋白进行了比较,为同源桃 获得靶蛋白的3d结构,对8500多个市售、进入临床的小分子药物进行约18万种药物-靶对情况的计算判断,使研究人员能够从21个蛋白质的角度综合、不偏不倚地判断药物的效果,后续的药物机制研究、
“神农项目”主页,小分子药物和病毒蛋白质的结合可视化
这些筛选结果都可以通过“神农项目”的在线平台进行交互式、可视化的查询。 药物开发者无需安装专业的结构生物学软件,即可通过多个终端浏览器确认靶蛋白质和药物的3d结合结构,并计算评价。 除目前筛查的8500多种药物外,“神农项目”将持续更新药物筛选库,向科研人员和公众发布最新的抗病毒药物筛选结果。
联合小组目前采用的药物筛选库包括现代西药、常见复方中药、天然产物比较有效的成分等。 登录华为云医疗智能体( eihealth )平台后,研究者还可以对比自己的药物库进行筛选。 医疗智能体平台基于华为云ai的集群服务、modelarts的一站式ai开发能力,整合了医药行业的多种算法、工具、ai模型和自动化流水线,进行了上千次仿真计算
“神农工程”的在线平台可以帮助医生和研发人员对可新冠药物进行判断,也可以作为抗病毒药物开发的科普教育网站,一般可以普及药物开发的知识。 目前,学术论文已经是chemxriv——systemicinsilicoscreeningindrugdiscoveryforconavirusdisease ( co vid-19 ) withanonlineinteractivewebe
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